原包垟店村解放初为包洋店，系包洋村一部分，与白云、涂山头、七孔田村均属白云乡；1952至1958年均属包洋乡。
1958年建立白云、涂山头生产队，七孔田和程坑后（又名大田）村合并建立双田生产队，包垟店则为包洋生产队一部分，均属百丈公社包洋生产大队；1959年2月起属百丈公社包洋管理区；1961年9月起为白云、涂山头、双田生产大队，包垟店则为包洋生产大队一部分，均属包洋公社；1981年10月双田生产大队更名七孔田生产大队。
1984年5月分别改为白云、涂山头、七孔田行政村，包垟店则为包垟村一部分，均属包垟乡。
1984年下半年从包垟村析建包垟店村。
1992年重新认定革命老区，原白云、涂山头、七孔田3村均被认定为革命老区村。
2004年，原包垟店、白云、涂山头、七孔田4村合并组建为新的包垟店村，属包垟乡。
2011年4月包垟乡撤销，并入百丈镇。
2016年行政区划调整后并入包垟乡。
一直沿用至今。