清属宁海县宁和乡，后改属南乡邵家庄。
民国十七年（1928）属邵家乡。
民国二十九年（1940）三门建县前后属任邵乡。
1949年解放初沿用旧制。
1950年5月属邵家乡。
1954年成立马村、百亩头初级社，1956年加入邵家高级社。
1958年属邵家管理区邵家生产队。
1961年从邵家生产队析出，成立马村、百亩头大队，属邵家人民公社。
1983年政社分设，设马村、百亩头村民委员会，属邵家乡。
1992年5月撤区扩镇并乡时，邵家乡撤销，改属亭旁镇。
2018年8月20日行政村规模调，原马村、百亩头村调整为新的马村村村民委员会。