1949年称车坑、黄皮、桥陌农民协会（行政村），1956年称车坑、黄皮、桥陌农业生产合作社，1958年称车坑、黄皮、桥陌生产队，1961年称车坑、黄皮、桥陌大队，1962年车坑大队析建桐梓大队，1984年称车根、黄皮、桥陌、桐梓行政村，分设村民委员会，属车根乡。
1992年撤区扩镇并乡，车根、斋郎两乡合置称百山祖乡，改属百山祖乡，村名复称车坑行政村。
2013年百山祖乡、合湖乡合并设立百山祖镇，属百山祖镇。
2019年5月，车坑村、黄皮村、桥陌村、桐梓村合并建立百山祖村。
村委会驻地车根。