清时属宰清乡。
1925年属北港镇四十四都。
后改属北港区。
1941年设凤卧乡，隶水头区。
1949年仍称凤卧乡，隶北港区。
1950年划出塔边、马迹二乡。
1952年分凤卧乡为东山和凤卧二乡，隶水头区。
1956年又并为凤卧乡，同时并入原析出的内塘乡和马迹乡。
1958年分出内塘、马迹后，为水头公社凤卧大队（管理区）。
1961年为凤卧公社。
1984年复为凤卧乡，隶水头区。
1988年改称凤卧镇。
1992年内塘乡并入凤卧镇。
2011年并入水头镇。
2016年恢复凤卧镇。