西汉，属益州郡地。
东汉、西晋、东晋属永昌郡地。
南诏属永昌节度地。
宋大理属金齿地。
元属金齿宜抚司。
明为道安安抚司及杨塘安抚司地。
明末清初置六库千总，属大理府云龙县。
清朝乾隆十七年（1752年），白族段姓由清乾隆朝廷封为六库土千总以后，一批白族和傈僳族先后迁至六库周围的半山一带，，使这块地方逐渐得以开发。
段姓土司家族，则集中于老六库。
辛亥革命（1911年）后，析保山县的登埂、鲁掌、卯照、云龙的六库、大兴等地，成立鲁掌行政公署。
民国二十一年（1932年），设泸水设治局，六库为其治地。
1951年2月，改设治局为泸水县，六库为其辖地。
泸水县人民政府成立初期便动员高寒山区一部分农民迁六库，于怒江西岸安家落户。
1957年，成立六库区。
1958年，改为公社。
1983年，复改为区，旋又改为六库镇。