1950年属邵甸区彩云乡。
1951年5月与今侯家营村委会辖区合设高仓乡。
1952年8月更名马军乡。
1954年4月并入阿子营乡，属邵甸区。
1958年10月设立马军管理区。
1961年月改称马军生产大队，属阿子营人民公社。
1963年3月，撤销大队，与原高仓大队合设马军（小）公社，属阿子营区。
1966年7月，高仓（侯家营）、马军分设大队。
1984年3月改设马军乡，属阿子营区。
1987年1月改设马军办事处。
2000年11月改设马军村民委员会，属阿子营乡。
2009年6月属阿子营镇。
2011年3月起属阿子营街道。