墨江在秦朝以前，属西南夷地。
秦汉至唐宋时期，先后隶属益州郡、兴古郡、梁水郡、黎州郡、银生节度、因远部、马笼部、元江万户府。
元宪宗四年（1254）他郎内附，中央政府立他郎为二千户所，至元二十五年（1288），设他郎寨（甸）长官司，司署设在他郎寨（今墨江县城）。
明永乐三年（1405），改他郎寨（甸）长官司为恭顺州，州署设在碧朔（今碧溪古镇），嘉靖十二年（1533），州署由碧朔移至他郎寨。
清雍正十年（1732），废恭顺州，设他郎抚彝厅，由元江府通判（正六品）分驻他郎；乾隆三十五年（1770年）元江府降为直隶州，他郎厅改隶普洱府。
1913年废厅改县，改他郎厅为他郎县。
1916年，改他郎县为墨江县。
1949年1月7日，墨江县城解放；同年8月3日，墨江县临时人民政府成立，隶属思普区临时人民行政委员会。
1950年5月4日，墨江县人民政府正式成立，隶属宁洱专员公署。
1953年3月，宁洱专员公署改为思茅专员公署，墨江遂隶属思茅专员公署。
1979年7月30日，经国务院批准，撤销墨江县，成立墨江哈尼族自治县。
2004年4月17日，思茅地区撤地设市，墨江哈尼族自治县隶属思茅市管辖。
2007年4月8日，思茅市更名为普洱市，墨江哈尼族自治县隶属普洱市管辖。