西汉建元六年（前135年），置堂琅县（今巧家、会泽、东川一带），始有县治，属犍为郡。
西汉元鼎六年（前111），改称三绛县，属越嶲郡。
东汉永初元年（107），称堂琅县，属犍为郡国。
三国蜀汉属朱提郡。
西晋属益州。
东晋属宁州。
南朝齐属南朱提郡。
唐南诏为閟畔部驻地，置东川郡，属拓东节度。
宋代东川郡直属大理。
元初设閟畔万户府，至元十五年（1291）改閟畔军民总管府，至元二十八年（1291）东川郡改置东川路。
明洪武十五年（1382）改为东川府，改属四川布政司。
清顺治十六年（1659）东川土府内附。
清康熙三十八年（1699）“改土归流”设东川府。
清雍正四年（1726）复属云南。
雍正五年（1727）置会泽县，治巧家，六年移至今址。
1913废府存县，属滇中道，1916年废道，直属省。
1922年恢复会泽县名。
1947年属第二行政督察区。
1949年属第一行政督察区。
1950年5月18日会泽县人民政府成立，属昭通专区。
1958年10月1日撤会泽县并入东川市。
1964年12月15日恢复会泽县，改隶曲靖专区，1997年5月6日，曲靖地区撤地设市，会泽县隶属于曲靖市。