吐蕃时期属约如管辖。
13世纪元朝萨迦政权时期，今扎囊县雅砻藏布江以南为帕竹万户辖区，以北为蔡巴万户辖区。
1912年，西藏地方政府在扎囊县境内设札囊、桑耶、札其3个宗溪，属洛喀基巧。
1959年5月，撤宗设立札囊县，隶属山南专区。
1960年1月，经国务院批准，将札囊宗、桑耶宗、札其溪合并，设立札囊县。
1974年2月，札囊县更名为扎囊县，隶属山南地区。
2016年1月，撤销山南地区，设立地级山南市，扎囊县隶属山南市。