1950年成立西北区，属迪化县二区。
1950年1月至4月，乌鲁木齐县成立11个区公所，作为县政府派出机构。
1955年，更名为第四乡，隶属第二区公所管辖。
1956年9月，第二区的第四乡、第五乡合并组建安宁渠乡。
1958年5月，划归米泉县红旗人民公社安宁渠生产大队。
1960年1月，划归乌鲁木齐县，为安宁渠人民公社的安宁渠生产大队。
“文化大革命”中曾更名为工农兵生产大队。
1983年改制，建立安宁渠乡。
1999年撤乡设镇，命名为安宁渠镇，管辖安宁渠村、西戈壁村、滨湖村、北大路村。
2004年，西戈壁村和滨湖村合并成立河西村。
2006年1月，原四十户乡撤乡划归安宁渠镇管辖。
2011年3月6日，安宁渠镇划归高新区（新市区），沿用至今。