东巴扎回族民族乡1953年11月24日东巴扎乡从城关区析出，成立相当于乡一级的东巴扎回族自治区。
1956年，改为东巴扎回族自治乡。
1958年撤区建社，成为东风人民公社（原一区）的第六生产大队。
东巴扎回族自治乡与马场乡，铁提尔乡，树柏沟合并，成立了一个人民公社，命名为鄯善县东风人民公社，东巴扎回族自治乡改名东风人民公社第五生产大队。
1984年12月11日，建立乡级政权机构时从东风人民公社第六生产大队分出，恢复了东巴扎回族乡。