牟子镇古称牟子铺又称牟子场、萝卜场。
牟子据民国《乐山县志》记载“牟子场创自明代，清重建，史上在此设牟子铺为商业、丝绸、油、盐、酒、锅等物通仁、井、省坦大道”。
1934年属平羌乡，1952年置晨东乡、关庙乡、牟子乡。
1955年将晨东乡的全部，关庙乡的4个村划属牟子乡。
1958年又将关庙乡的全部划属牟子乡建立红旗公社，辖6个管区，1个蔬菜农场。
1959年，又将红旗公社分为牟子公社和关庙公社。
1984年改牟子公社为乡。
1992年调整乡镇建制，撤销牟子乡，新建牟子镇，将关庙乡并入牟子镇。
1999年将牟子镇分为牟子镇和关庙乡。
2019年12月，将牟子镇翡翠社区、沟儿口村、马边河村、三桥村所属行政区域划归全福街道管辖并撤销关庙乡改属牟子镇。