清雍正年间至建国初属安乐乡辖。
1958年并置为上游公社，村名三元大队，属上游公社辖。
1960年置安乐公社，村名三元大队，属安乐公社辖。
1961年10月安乐公社改名为木头浩公社，村名三元大队，属木头浩公社辖。
1978年将双松、桐梓并入后仍为安乐公社，村名三元大队，属安乐公社辖。
1984年撤社设乡，安乐公社改安乐乡，村名三元村，属安乐乡辖。
1992年撤乡并镇，安乐乡合并至现桐梓镇，村名三元村，属桐梓镇辖至今。
2019年8月乡镇行政区划调整撤销桐梓镇，将其所属行政区域划归阳春镇管辖，2019年11月村建制调整撤销石岗冲村，以原三元村、原石岗冲村所辖范围合并设立三元村，属阳春镇三元村辖至今。