隋朝年间为上庄，明代为上庄村，解放初期东社村有一上庄村，为与之区别故名南上庄村。
1937年，属太原县第五区。
1945年，属太原市外三区。
1947年，太原县上庄村与阳(曲)西县上庄村均归太原市管辖，为与东社乡上庄村区别更名为南上庄村。
1949年属太原市第五区。
1953年，太原市第五区划乡，划入小王乡。
1954年，属万柏林区。
1956年，随小王乡并入小井峪乡。
1957年，属太原市郊区小井峪乡。
1958年为小井峪人民公社南上庄生产大队。
1970年，属北郊区。
1984年，由生产大队改为村民委员会。
1997年撤销北郊区建制，划归万柏林区。
2007年划入长风西街街道管辖，2011年改制为南上庄社区，一直沿用至今。