解放前属太原县四区，1948年解放后属晋源县，1949年属太原第二专署（东庄）下辖的一个自然村，1951年属太原第六区下辖的一个自然村，1954年划入王郭乡，1956年建“光明”高级社，1957年属大郊区，1960年属晋祠农村人民公社下辖的生产大队。
1961年属晋源区，1963年属郊区，1970年属南郊区晋祠人民公社下辖的一个生产大队，1984年撤销晋祠人民公社设立晋祠镇，改制为万花堡村村民委员会，1997年设晋源区，万花堡村村民委员会属于晋源区晋祠镇，一直沿用至今。