清嘉庆十四年（1809年），从西乡县划归定远厅辖，设东乡归仁里蜡溪地。
民国三年（1914年），设置镇巴县东区纳溪村。
民国二十五年（1936年），设纳溪联保1、2、3、4、5、6保。
民国二十九年（1940年），设纳溪乡1、2、3保。
1950年，设纳溪区碾子垭乡和黄汜垭乡。
1950年5月，并入观音区。
1955年5月，设碾子区碾子、三官、仁寿、上坝、后河乡。
1956年5月，合并为碾子垭公社。
1961年，设碾子垭公社三官、上坝、后河管理区。
1963年9月，更名碾子区公所三官、新庙、后河公社。
1966年12月，更名东风区东风、新生、后河公社。
1971年2月，恢复为碾子区所辖东风、新生、后河公社。
1980年，碾子区区公所驻地迁今址。
1981年1月，东风公社更名为碾子公社。
1984年5月，改设为碾子区公所、碾子、新庙、后河乡。
1996年5月，将三乡合并为碾子镇。