耀州自有人类活动距今已有五、六千年历史，《资治通鉴纲目》有母系氏族领袖“阴康氏治于华原”的记载。
夏商时，各地氏族部落先后结成方国，据《陕西通志·夏商国邑考》记载，时雍州有国邑43个，位于漆沮之间的华原即属其一。
三代以前为雍州之城，秦属内史地。
西汉景帝二年（前115年）于今河东堡西侧始置祋祤县，三国魏黄初元年（220年）徒甘肃之泥阳侨置于祋祤，改祋祤为泥阳县，隶北地郡并兼为北地郡治。
隋开皇六年（586年）泥阳县更名华原县并移治今城区。
唐垂拱二年（686年）为避武则天祖讳，华原县改称永安县，神龙元年（705年）复名华原县。
唐天祐三年（907年）李茂贞改华原县置耀州。
元属奉元路。
明、清属西安府。
1913年废州，设立耀县，属关中道。
1949年10月属三原分社，辖庙湾、柳林、瑶曲、龙首、安王、小丘、袁文、孝义、照金、城关、石人、寺沟12个区，74个乡。
1950年5月属咸阳专区，撤销龙首、庙湾、安王3区，辖9个区，63个乡。
1953年1月属渭南专区，撤销石人区，辖8个区，53个乡。
1956年2月撤区并乡，辖城关镇和柳林、瑶曲、小丘、照金4个区及王益、寺沟、稠桑、郭家、孙塬等6个直属乡。
1956年10月属省。
1958年9月撤销区乡建制，成立红旗、五星、楼村、小丘、照金、柳林、瑶曲、王益8个公社；同年12月撤销耀县并入铜川市，下设耀城、小丘、柳林3个公社，有20个管理区。
1961年8月复设耀县，仍属渭南专区，下设城关、孙塬、寺沟、稠桑、下高埝、柳林、瑶曲、安里、小丘、阿子、照金、白瓜、楼村13个公社。
1964年6月城关公社改设为镇。
1965年6月划入原铜川市演池、石柱、王家砭3个公社，共辖1个镇、15个公社。
1969年属渭南地区。
1980年1月属铜川市。
1983年5月撤销公社，辖1个镇15个乡。
1984年9月撤销照金、瑶曲、王家砭3乡，分别设立照金镇、瑶曲镇、董家河镇。
1985年1月柳林乡一部分划出，设立庙湾镇，辖5镇12乡；1995年6月撤销柳林乡，设立柳林镇。
1997年10月撤销稠桑、小丘2乡，分别设立关庄镇、小丘镇。
1998年10月撤销楼村乡，设立坡头镇。
2001年12月撤销阿子乡并入关庄镇。
2002年6月撤销耀县建制，设立耀州区，铜川市人民政府迁驻耀州区。
同年11月撤销白瓜、安里2乡，分别并入小丘镇和柳林镇。
2004年10月撤销下高埝乡，分设正阳路、咸丰路2街道。
2005年7月撤销城关镇，分设永安路、天宝路2街道。
2011年7月撤销寺沟镇，分设锦阳路街道。
2011年7月撤销柳林镇建制，分别并入照金、庙湾、石柱、关庄等乡镇；2012年7月17日，石柱改乡建制为镇；2014年撤坡头镇设坡头街道办事处。
2015年镇村综合改革时析演池乡入石柱镇，共辖6个街道、7个镇，沿用至今。