商为契之封地，周属商国，因境内有山形似“商”字而得名。
郑樵《通志》载：“商本山名，在州东南，周秦商於地。
故汉以县，后周以名州。”《太平寰宇记》“取古商於之地为名。”夏商时为梁州之城。
周为古鄀国地。
秦孝公二十年(前342年)置商郡。
秦置商县，属内史郡。
西汉置上洛县，因位于洛河上游而得名，属弘农郡。
东汉属京兆尹，三国属京兆郡，西晋属司州。
南北朝时期，仍以上洛名。
北周宣政元年（578年）置商州，“商州”正式成为政区名称。
隋大业三年（607年）撤商州复设上洛郡。
唐武德元年（618年）撤郡复设商州；天宝元年（742年）撤州复设上洛郡；乾元元年（758年）撤郡再设商州。
五代属京兆府。
北宋名商州，属永兴军路。
金、宋、元、明代仍名商州。
清雍正三年（1725年）升为直隶州。
1913年废商州，改设商县。
1928年属省。
1935年属第四行政督察区。
1949年5月属陕甘宁边区商雒分区。
1953年5月将洛南县广东坪乡、大河面乡、韩子坪乡划归商县。
1950年属商雒专区。
1958年11月份划入丹凤县的龙驹、庾岭、商镇3个乡。
1962年5月将龙驹、庾岭、商镇复归丹凤县。
1969年属商洛地区。
1988年6月撤销商县，设立县级商州市。
2001年8月，撤商洛地区设立地级市商洛市，原县级商州市改为商州区。