清代属洋县蒲河骆谷里。
中华民国元年（1912年）至1949年，属洋县“石大椒”地区。
1950年5月13日，石墩河乡由洋县划归佛坪，属县第二区辖。
1952年，属县第三区辖。
1956年，属县直辖乡。
1958年9月15日，成立石墩河公社。
1958年11月，撤销佛坪县，划归石泉县。
1961年9月，恢复佛坪县后，改为石墩河管理区，属石墩河区辖。
1962年7月，复称石墩河公社。
1967年，更名为向阳公社。
1973年，复称石墩河公社。
1984年5月，改设为乡。
2011年7月，撤乡设立石墩河镇。