明万历十一年（1583年）复置长武县增编八里，进贤里辖区内就有南村村名。
明清多次变更，南村都属进贤里管辖。
到民国年间实行保甲制，南村属北区第三保管辖。
全国解放后设县区乡村四级行政单位，南村属第二区第三乡（即镇南乡）管辖。
1958年人民公社化后，南村属相公人民公社三兴大队生产队。
1961年分县分队后重建南村大队，属相公公社管辖。
1984年政社分设，成立南村村民委员会，归相公乡人民政府管辖。
1998年，撤乡建镇，归相公镇人民政府管辖。
2007年，邱渠村并入南村，保留南村村民委员会，归相公镇人民政府管辖至今。