民国时期,芋元村归属进贤乡第七保(消水)。
新中国成立后,芋元村归消水乡管辖。
1953年,归南官乡管辖。
1956年,芋元村归芋元管区管辖。
1958年人民公社时期,芋元村与南官村、李王村、高家楼村合为一队,称芋丰大队,归芋元人民公社管辖。
1962年四村分开,各自为队,归属芋元人民公社管辖。
1968年,归芋元人民公社革委会管辖。
1984年政社分设,成立芋元村村民委员会,归芋元乡人民政府管辖。
2011年,撤乡并镇,归芋元发展服务中心管辖。
2012年归相公镇芋元社区管辖。
2015年,山坡村并入芋元村,同年,撤销芋元社区,归相公镇人民政府管辖至今。