南汇新城成陆于清光绪九年至三十一年（1883-1905）。
宣统三年（1911）设闾，隶属大团乡。
1934年设保，先后隶属南汇县第八区中心乡和泥城乡。
1949年5月设5个小村，隶属南汇县第六乡镇联合办事处泥城乡。
1950-1956年设汇茂乡，隶属南汇县泥城大乡。
1958年建立果园园艺场，隶属泥城人民公社。
1966年单独建置为果园人民公社，隶属南汇县。
1984年撤社建果园乡，隶属南汇县。
1993年3月撤销果园乡和原芦潮港镇建制，建立新的芦潮港镇，辖7个村、2个集镇居民委员会。
2003年开始因洋山深水港建设，全镇逐步拆迁。
2003年芦潮港农场并入。
2006年9月14日成立申港街道。
2009年4月原南汇区整体并入浦东新区后，隶属浦东新区。
2012年8月原芦潮港镇和申港街道撤二建一，成立南汇新城镇。