黄屯街道原属济宁县境（原济宁任城区），1948年划入滋阳县（今兖州区）。
1962年初，兖州与曲阜分县后，由原来的红旗人民公社西部的黄屯、郭营和孙氏闸管区，幸福之路人民公社南部的廿十里铺、稻营、南彭管区，共37个大队新建公社，1966年5月改称黄屯区，1968年又恢复人民公社，1972年将南彭管区划给新建的红星公社，1980年又改称黄屯区，1986年撤区改乡，1995年撤乡改镇，2003年划归济宁高新区，2005年稻营管区6个村划归兖州市新兖镇，2010年设立街道办事处，沿用至今。