春秋属鲁地，战国属齐国亢父县，秦属爰戚县。
民国时期，金屯镇大部分村庄属济宁县辖，1948年划归嘉祥县二区，区驻地在金屯村。
1958年成立先锋人民公社，同年嘉祥县撤销，大部分村庄划归济宁市，南部4个村划归金乡县羊山人民公社，西部四个村划归高峰人民公社。
1962年恢复嘉祥县建制，始建金屯人民公社，1980年更名王固堆人民公社。
1984年农村体制改革中更名为王固堆乡，1999年7月撤乡设镇，更名为金屯镇，并沿用至今。