1930年互助建县，1949年9月12日，互助县解放，隶属青海省人民政府。
1953年改设互助土族自治区，1955年改为互助土族自治县，1960年划归西宁市，1962年复归省直辖，1978年划归海东地区。
1960年4月5日至1961年8月，互助县隶属西宁市。
1961年8月15日至1978年9月，为青海省直属县。
1978年10月19日，青海省成立海东行署，互助县隶属海东行署，2013年2月，海东行署撤销后设立地级海东市，互助县属之。
2000年，互助土族自治县辖1个镇、16个乡、4个民族乡。
2001年3月19日，青海省人民政府撤销高寨回族乡、加定藏族乡、南门峡乡和丹麻乡，分别设立高寨镇、加定镇、南门峡镇和丹麻镇。
2001年底，互助土族自治县辖5个镇、14个乡、2个民族乡，2个社区、295个村(牧)委会。
2006年，互助土族自治县行政区划调整为撤消沙塘川乡和双树乡，设立塘川镇;撤消边滩乡，并入林川乡。
2006年8月，互助县撤销边滩乡，并入林川乡;撤销五十乡，设立五十镇;撤销五峰乡，设立五峰镇;撤销双树乡、沙塘川乡，合并设立塘川镇。