汉代时期，羌族在此居住，曾建立若羌国。
西晋时期，为吐谷浑属地。
隋大业五年（609年），隶属部善郡。
唐龙朔三年（663年）后，属吐蕃国辖地。
宋代时期，为撒里畏兀儿属地。
明朝正德七年（1512年）后，属蒙古族诸部辖地。
清朝雍正三年（1725年），为青海蒙古族左翼盟和硕特部西右中旗（俗称台吉乃旗）杂斯陶海牧地。
民国三十五年（1946年），属都兰县。
中华人民共和国建立后，隶属茫崖工委、茫崖镇。
1984年12月26日，设立花土沟镇。
1985年3月1日，成立花土沟镇。
2006年，将尕斯乡并入花土沟镇。