据《奉天通志》、《辉南厅志》、《辉南县志》记载：清代初期，这里被封禁为盛京围场。
1879年（光绪五年），设置海龙厅时，本镇归海龙厅管辖。
光绪二十八年（1902），盛京围场全部开禁，逐渐形成居落，海龙厅升为府，本镇归海龙府的海甲社管辖。
宣统元年（1909），海龙府划出东南8社，设立辉南直属厅，设治所谢家店（今辉南镇）。
1913年，废厅改县，改为辉南县。
1919年，辉南县将8个社改为8个区，本镇归第四区管辖。
1923年，辉南县将8个区改为8个社，原冠于社首的“海”字改为“辉”字。
本镇归辉甲社管辖。
1925年辉南县将8个社改为4个区，属第一区管辖。
1928年，废除区制。
1932年，设伪县公署于此镇，该镇属辉南城厢街，设街公所。
1935年，辉南县设立5个警察区，归第一警察区。
1936年，建立辉南街。
1945年11月，辉南县民主联合政府成立后，把全县划为8个区，建立第一区（辉南区），辖辉南街、南关、东关、北关、集贤、双桥子、松树沟、石棚沟、矫大桥、大阳、永兴、三合、德胜、长碾沟14个村，政府驻地辉南街。
1947年3月，本镇第二次解放，辉南县人民政府设于本镇。
仍属第一区（辉南区）。
1949年11月，辉南县人民政府迁至朝阳镇。
1951年，一区辖解放、新胜、胜利、三合、七合、集贤、矫大桥、德胜、永兴、松树沟、石棚沟、西城边、东城边、大阳、长碾沟12个村3个街。
1956年3月，改区村制为乡镇制，一区改为集贤乡、辉南乡和辉南镇，辉南镇（乡级）辖镇内解放、胜利、新胜3个街。
1958年9月，人民公社化中，由原镇内各街辉南镇、集贤乡、松树乡的15个高级社和工商户组成红旗人民公社，辖集贤、庆阳、大阳、东关、南关、西光、高升、三合、七合、松树、永兴、城镇12个管理区，68个生产队。
1961年，全县人民公社调整，红旗人民公社改为辉南镇人民公社，辖集贤、东关、南关、西光、德胜、红旗、红星、三合、七合、高升、松树、大阳、永兴、友好、复兴15个生产大队。
1962年，全县人民公社调整，辉南镇人民公社分为辉南镇人民公社、大阳人民公社、辉南人民公社和松树人民公社，辉南镇人民公社辖集贤、东关、南关、西关、德胜、红旗、红星7个生产大队。
1965年，全县人民公社调整，辉南镇人民公社辖胜利、解放2个街和南关1个生产大队。
1982年，全县调整生产大队和生产队，辉南镇人民公社辖解放、胜利2个街和城东1个生产大队，7个生产队。
1983年，全县对人民公社体制进行改革，改为辉南镇，辖解放、胜利2个街和城关1个村，7个农业生产合作社。
1989年11月14日，经吉林省政府批准同意，撤销辉南乡，将其原管辖区域并入辉南镇。