春秋、战国时期，先后是百越——越——楚属地。
秦属九江郡。
汉属豫章郡、庐陵郡。
三国吴嘉禾五年（236），析庐陵郡置南部都尉，初定建制、辖域。
晋置南康郡。
南朝宋永初元年（420）改南康郡为南康国，南朝齐永明元年（483）复为南康郡。
隋开皇九年（589）改置虔州，隋大业元年（605），又改虔州为南康郡。
唐置虔州。
五代梁属百胜军，五代南唐改称昭信军。
宋初复称虔州；宋淳化元年（990）析虔州之南康、大余、上犹三县别置南安军；宋绍兴二十三年（1153），改虔州为赣州，赣州之名始此。
元置赣州路、南安路。
明置赣州府、南安府。
清初沿明制，清乾隆十九年（1754）析赣州府之宁都、瑞金、石城三县，别置宁都直隶州。
1914年废府、州，设赣南道。
1926年废道，各县直属省。
1932年设第十一（驻宁都）、十二（驻赣县）、十三（驻龙南）行政区，是年原属豫章道的广昌县划属第十一行政区。
1935年改设第四（驻赣县）、第八（驻宁都）行政区。
赣南解放后，于1949年9月，成立赣州专区、瑞金专区，与吉安专区同属赣西南行政区。
1950年瑞金专区改称宁都专区。
1951年撤销赣西南行政区。
1952年撤销宁都专区，除广昌县划归抚州专区外，原宁都专区辖县皆属赣州专区。
1954年撤销赣州专区，改设赣南行政区，复将广昌县划入。
1964年撤销赣南行政区，改设赣州专区。
1970年以后称赣州地区。
1983年广昌县划归抚州地区。
1994年南康、瑞金撤县设市。
1998年撤地改市，原县级赣州市改为章贡区。
1999年地级赣州市正式挂牌成立。
2013年11月8日，撤销原县级南康市，设南康区，同意将南康区潭口、潭东镇划赣州市章贡区管辖。
2016年10月，撤销赣县设立赣县区。