二甲镇的形成可追溯至清代初期，当时众多开荒者来到通州东部沿海烧盐垦荒，逐渐在现二甲镇附近东南一带形成以交易土布、粮油为主的集市——“南安镇”。
由于交通不便，后来集市慢慢转移至为防止海潮内灌的西坝（二甲坝），久而久之便形成了新的集镇。
1952年与海洪、六甲两乡合建二甲镇。
1958年二甲镇和桂贞乡合并成联盟人民公社。
1961年镇社分治，建二甲镇。
2000年袁灶、余西、余北三乡并入二甲镇。
名称未变，沿用至今。