南集乡境在清代大部分隶属大飞镇，民国初属大飞市，1929年属第八区，1934年后属第六区。
抗日民主政权建立后，1942年11月建南集区。
新中国成立后仍属南集区，1956年2月撤销南集区，改属黄营区，1957年12月撤区并乡时由守阳、道行及下营、范荡、六堡、顺集等乡的一部分组成南集乡，1958年8月成立南集人民公社，1983年6月，改称南集乡。
2000年初朱陈苗圃并入，改称南集镇。
10月全县实施撤乡并镇，北集乡并入南集镇。