据同治版《竹溪县志》载：明代以社、里为基层行政单位，在明成化十二年（1476年）后为秦坪社，据92版《竹溪县志》载，清沿袭明制，清朝晚年，因战乱而改制，士人皆踞险结寨而居，为秦坪社南乡，中华民国初，县下设区为九区，1934年为新四区，1941年撤区设乡镇属瓦沧乡、厚向乡，1947年乡镇合并，属桃源乡。
1950年1月桃源解放，建立桃源区人民政府。
8月改称第八区公所。
1952年1月，改称第八区人民政府，5月划出5个乡组建双峰区（向坝乡前身），6月由第八区改称第十区，7月复名桃源区。
1956年4月，桃源、双峰两区合并亦称桃源区。
1958年10月公社化，撤区建制，建立红星、高峰两个人民公社。
1959年1月红星人民公社改为桃源人民会社。
1961年4月复名桃源区，机关驻羊角洞。
1968年9月成立桃源区革命委员会，下辖6个人民公社革命会。
1975年3月，撤销桃源区革命委员会，建立桃源人民公社革命委员会。
1980年，全乡共有27个大队，100个生产队。
1981年1月，改称桃源人民公社管理委员会。
1984年5月按照中共中央、国务院《关于实行政社分开建立乡政府的通知》和省、地委的指示精神，与瓦沧人民公社合并，改为桃源区，下辖7个乡。
1987年9月，撤区并乡，成立桃源乡人民政府。
2002年6月6月乡镇配套改革，撤销瓦沧乡，并入桃源乡。
2003年9月，将全乡24个村合并为12个村。
2005年1月将12个村，1个林特场合并。
合并后，全乡辖9个村，46个村民小组。