指南村村民委员会所在地，清代属枝江县第五都；1913年属南区；1930年至1934年隶属第四区；1946年属庾信乡；1949年6月属冯口区署；1949年7月属枝江县冯口区；1955年7月属宜都县百里洲区。
所在地清代属第七都，1913年属枝江县南区；1930年至1934年属枝江县第四区；1936年属枝江县第三区；1946年属古江乡；1949年6月属冯口区署；1949年7月属枝江县冯口区；1955年属宜都县百里洲区冯口乡。
指南村前身是1956年成立的指南高级农业社，属宜都县冯口指导组冯口乡；1958年10月更名为指南生产队，属百里洲公社冯口管理区；1961年5月改为指南大队，属百里洲区冯口公社；1962年10月复置枝江县，属枝江县百里洲区冯口公社；1975年2月撤区并社，属百里洲公社冯口管理区；1984年1月指南大队改为指南村，属百里洲区冯口乡；1987年10月属冯口乡冯口指导组；1991年1月属百里洲乡冯口管理区；1998年4月属百里洲镇冯口管理区；2001年3月撤销冯口管理区，属百里洲镇至今。