清朝康熙年间属杨溪店村。
清同治年间属东乡肖公保。
民国11年属二区。
民国36年属杨武乡肖公保。
1948年为上清村，1951年土改，为上清乡，1956年撤乡建社，为同心农业合作社，属杨溪区管辖。
1958年人民公社化，为同心大队，属卫星人民公社管辖。
1975年撤区并社，同心大队属桂花公社管辖。
1981年，更名为核桃树垭大队，属桂花公社管辖。
1984年撤社并区，大队改村，更名为核桃树垭村，属原种场管辖。
2009年撤销原种场建制，设立谭家湾镇，核桃树垭村属谭家湾镇管辖至今。