清朝康熙年间属花米村，清同治5年属王二保，归西乡管辖。
民国期间属大峡乡第6保。
1948年归花园村，1951年推行土改，归花园乡，1955年推行合作化，称黎明农业合作社，属鲍峡区管辖。
1958年人民公社化，取名为黎明大队，属红旗人民公社管辖。
1961年，黎明大队属鲍峡区管辖。
1975年撤区并社，黎明大队属鲍峡人民公社管辖。
1981年，更名为郭家店大队，属鲍峡人民公社管辖。
1984年撤社并区，撤队改村，为郭家店村，属鲍峡区大圣乡管辖。
1987年撤区建乡（镇），郭家店村属鲍峡镇小花果管理区管辖。
2001年行政体制改革，郭家店村属鲍峡镇管辖至今。