元朝属西乡。
明朝属甘泉里。
清朝属石管铺。
民国初期沿袭清制，1921年属西乡，1936年属第三区，1948年属第四区。
1950年3月属荷花区，1956年农业合作化时成立荷花、竹林高级社属荷花乡，1959年4月公社化时为荷花、竹林生产队，属荷花公社荷花管理区。
1961年为荷花、竹林生产大队，属荷花镇荷花公社。
1979年3月，荷花大队更名为荷花店大队。
1984年2月为荷花店村、竹林村，分别成立荷花店村、竹林村村民委员会，属荷花镇荷花乡。
1987年10月属苟家垭镇。
2001年3月属荷花镇。
2002年10月，竹林村与荷花店村合并为荷花店村，属荷花镇。
2014年10月，荷花镇更名为嫘祖镇，属嫘祖镇至今。