原秦湾村：明嘉靖年间属惠化乡；清康熙年间属从义乡；民国时期属青吉乡；1949年5月属陈巷区；1956年为秦湾社，属陈巷区西草店乡；1958年成立人民公社，更名为秦湾大队，属红旗公社西草店管理区；1959年为秦湾大队，属陈巷公社西草店管理区；1961年4月恢复区（镇）建制，为秦湾大队，属陈巷区西草店公社；1975年2月撤区并社，为秦湾大队，属陈巷公社；1977年撤联兴公社并入骆店公社，为秦湾大队，属骆店公社；1979年2月撤骆店公社并入陈巷公社，为秦湾大队，属陈巷公社西草店管理区；1983年底设区建乡，为秦湾村，属陈巷区草店乡；1987年9月撤区并乡，为秦湾村，属骆店乡。
原花坟村：明嘉靖年间属惠化乡；清康熙年间属从义乡；民国时期属青吉乡；1949年5月属陈巷区；1955年为花坟社，属陈巷区西草店乡；1958年成立人民公社，为花坟大队，属红旗公社西草店管理区；1959年为花坟大队，属陈巷公社西草店管理区；1961年4月恢复区（镇）建制，为花坟大队，属陈巷区西草店公社；1975年2月撤区并社，为花坟大队，属陈巷公社；1977年撤联兴公社并入骆店公社，为花坟大队，属骆店公社；1979年2月，撤骆店公社并入陈巷公社，为秦湾大队，属陈巷公社西草店管理区；1983年底设区建乡，为花坟村，属陈巷区草店乡；1987年9月撤区并乡，为花坟村，属骆店乡。
2004年撤村并村，秦湾村和花坟村合并为灵山村，属骆店乡；2014年8月撤骆店乡设骆店镇，为灵山村，属骆店镇至今。