清代属汝阳县黄岗镇。
1913年属汝南县。
1935年属八区王岗店。
1938年分属三区高固店、王岗东店、王岗西店联保和四区余家店联保。
1949年属九区余店乡、秫杆铺乡、天堂乡、徐庙乡、大刘庄乡。
1951年分属九区天堂寺、余店乡和二区郭店、韩坡、大陈庄、路庄、张岗乡。
1956年属余店中心乡余店、韩坡、路庄乡。
1957年设余店乡。
1958年分属东方、先锋公社。
1959年分属王岗、马乡公社。
1961年分属王岗区余店公社和马乡区天堂公社。
1962年复属王岗、马乡公社。
1975年成立余店公社。
1981年更名为南余店公社。
1983年改设南余店乡。