明代建村。
1958年称万古人民公社东妹大队、中妹大队、西妹大队。
1968年设置东妹大队革委会、中妹大队革委会、西妹大队革委会。
1979年恢复东妹大队、中妹大队、西妹大队。
1983年称万古乡东妹村民委员会、中妹村民委员会、西妹村民委员会。
1988年地名标准化后，称万古乡妹村东街村民委员会、妹村中街村民委员会、妹村西街村民委员会。
1996年称万古镇妹村东街村民委员会、妹村中街村民委员会、妹村西街村民委员会。
2020年，村居规模调整，东妹村、中妹村、西妹村、袁庄4个村合并调整为妹村村民委员会，仍属万古镇。