顺治八年(1651年)后，有散居农户，清中期已形成15个村落。
民国初期属镇抚乡。
1933年1月设第三区马莲河保。
1939年改设马莲河村。
1945年11月属第三自治区。
1947年5月属镜泊县，设立第二区。
1948年8月属宁安县，改设第八区。
1956年5月改设马河中心乡，辖马河、金坑、鹿道3个乡。
1958年1月改设马河乡。
1958年9月并入东京城镇人民公社。
1961年设立马河人民公社。
1984年4月撤销马河人民公社，设立马河乡，名称沿用至今。