原名“小城子”,因有渤海国时期古城墙遗址而得名。
清代晚期,始有垦民来此定居。
清光绪八年(1882),开辟宁古塔至三岔口驿路时,已经形成村落,隶属宁古塔副都统管辖。
清光绪二十九年(1903)设置绥芬厅后,属讲礼社辖区。
清宣统元年(1909),改隶东宁厅管辖。
1917年隶属东宁县第三区。
1934年隶属第三区北河沿保。
1939年6月,伪东宁县公署从三岔口移驻小城子,遂改称东宁街。
1945年,为东宁县城区。
1948年10月,绥阳县并人东宁县,县政府移至绥芬河,东宁街划为第三区。
1952年县政府迁回东宁街,改为第一区。
1956年5月,设置东宁镇和北河沿乡。
1958年9月,东宁镇与北河沿乡合并,成立东宁人民公社。
1984年,东宁人民公社改设东宁镇。
2001年1月,南天门乡并入东宁镇。
名称沿用至今。
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