民国二十四年（1935年）3月前，五指山市境内的红毛下峒（今毛阳镇）、番阳峒（今番阳镇）属崖县管辖，水满峒（今水满乡）、同甲峒（今南圣镇）属定安县管辖，指（志）玛弓（今南圣镇）属陵水县管辖；同年3月，广东省人民政府新设保亭、白沙、乐安（因与江西乐安县同名，当年9月改为乐东县）三县，隶属琼崖绥靖委员会公署。
民国二十五年（1936年）12月，隶属广东省第九区行政督察专员公署。
通什地区分属保亭县、白沙县、乐东县。
民国三十七年（1948年），通什乡划归保亭县管辖。
1953年7月，广东省海南黎族苗族自治区从乐东县抱由镇迁驻通什乡。
1955年10月，海南黎族苗族自治区改为海南黎族苗族自治州，通什乡为自治州首府驻地。
1963年11月，海南黎族苗族自治州党委和州政府决定，划保亭县通什镇红旗公社归广东省海南黎族苗族自治州直接领导。
1983年5月，境内人民公社改为区公所。
1986年6月，国务院批准设立通什市（县级），以保亭县的畅好、红山、毛道、南圣区，琼中县的五指山、毛阳区，乐东县的番阳区及海南黎族苗族自治州直辖的通什镇为通什市的行政区域，隶属广东省海南黎族苗族自治州。
1987年1月，通什市正式挂牌；同年12月，海南黎族苗族自治州撤销，通什市隶属海南行政区和海南建省筹备组。
1988年4月，海南建省办经济特区，通什市隶属海南省管辖，享受民族自治地方优惠政策。
1995年7月，管理区改为村民委员会，经济合作社改为村民小组。
2001年2月，海南省人民政府向国务院请示将通什市更名为五指山市；同年7月，经国务院批准，通什市更名为五指山市。
2020年2月，海南省人民政府同意五指山市退出贫困县序列。