据清《崖州志》载，宋开宝五年（972年）振州（今三亚一带）改为崖州，隶琼州。宋熙宁六年（1073年），改崖州为珠崖军。宋政和七年（1117年），改珠崖军为吉阳军。明清两代则一直沿用“崖州”。历经建置沿革变迁，崖城古镇一直是历代州、军治和民国政府所在地。
1950年崖县解放，崖县人民政府在崖城成立。
1954年建崖城镇，1958年改立炮艇公社，1984年复置镇。
2001年8月，崖城镇、保港镇、梅山镇、雅亮乡合并，设立崖城镇。
2014年1月25日，国务院批复同意海南省撤销三亚市所辖六镇，新设四个市辖区。其中同意撤销三亚市崖城镇，设立三亚市崖州区，以原崖城镇的行政区域为崖州区的行政区域，崖州区人民政府驻水南大道288号。
2014年10月23日，三亚市人大常委会第二十五次会议决定：分别成立三亚市吉阳区、海棠区、天涯区、崖州区第一届人民代表大会筹缸椋涸鸪锉父鞅厩谝唤烊嗣翊泶蠡嵯喙厥乱恕�
2015年1月2日，三亚市崖州区举行成立大会暨揭牌仪式，崖州区党委、区人大、区政府正式挂牌成立。