自西汉开疆海南后,历朝代治于此。
隋大业三年(607)宁远县治,宋代开宝五年(972)改振州为崖州,为州治。
1912年废直隶州,改名崖县,为县治。
从民国到1954年,为崖县(三亚市前身)县城所在地。
1958年成立崖城人民公社,1983年撤销人民公社建制,改为崖城区,1987年1月撤销区乡建制,改为崖城镇。
2001年,三亚市进行撤并乡镇行政区划改革,将原崖城镇、保港镇、梅山镇、雅亮乡整建制合并为崖城镇(2004年将原雅亮乡管辖范围划给新成立的育才镇辖)。
2014年经国务院批准,三亚市撤并区镇,将崖城镇改为崖州区沿用至今。