石阡村村民委员会，明万历二十九年（1601）后属德溪里，清光绪三十一年（1905）后属南区，1928年后属凤仪区（一区）。
解放初为瑞溪大乡的六、七村，1953年建石阡乡，1958年公社化时为石阡管理区，后改为石阡公社。
1984年隶属凤仪区，改称为村。
1992年7月，将原凤仪区所辖的燕子坝、三把车、石阡、柏坝、瑞溪、木盆寺6个乡合并组建瑞溪镇，石阡村隶属瑞溪镇。
2003年小村合成大村时，由原石阡管理区的墨石村、楼房村、高家菁村三个小村组成现石阡村。