民国三十年（1941年），新店乡辖新店、沙水坪、河口、丙溪、老寨、朝阳、铜盆洞、泡木垄、柴冲、兴隆10保，103甲。
1949年11月18日，新店乡改玉屏县第二区。
1950年3月，二区新店并入一区平溪。
1958年12月，新店划入玉屏公社。
1961年8月，新店乡改为新店公社，下辖水坪、七里冲、新店、沙水坪、秋溪、大冲、河口、洞坪、陇溪9个生产大队。
1968年10月，新店、丙溪合并，成立立向阳公社。
1980年5月，向阳公社更名新店公社。
1984年1月，新店公社改新店乡，辖新店、沙水坪、洞坪、河口、老寨、丙溪、朝阳、大湾、狸狮坪9个生产大队，共66个生产合作社。
2016年1月14日，撤销新店乡建制，设置新店镇，撤乡设镇后行政区域和政府驻地不变。