今黔东南苗族侗族自治州辖地，秦代分属黔中郡和象郡。
西汉时期，今施秉至凯里、雷山、榕江一线以东属武陵郡，以西属牂牁郡。
沿至南朝调整区划，今施秉至雷山以西属南牂牁郡，以东属东牂牁。
隋代，属牂牁郡、沅陵郡和始安郡。
唐代，属黔中道，置有应州、亮州、福禄州等羁縻州和奖州等经制州。
宋代，今天柱至黎平一线以西属夔州路，置有邛水县、安夷县和思州、亮州、古州等羁縻州；天柱至黎平一线以东属荆湖北路之靖州；黎平至榕江一线以南属广南路之融州。
元代分属四川行省播州宣慰司，湖广行省思州宣慰司和新添葛蛮安抚司。
明洪武七年(1374年)置黄平安抚司，隶播州宣慰司。
永乐十一年(1413年)废思州、思南2宣慰司，于今州境置思州、黎平、新化、镇远4府，隶贵州等处承宣布政使司。
二十一年设新镇道，黎平、新化、镇远3府属辖。
思州府隶思仁道。
宣德九年(1434)废新化府入黎平府。
成化十三年(1477)于西境置安宁宣抚司(今凯里)，隶播州宣慰司。
弘治七年(1494年)置麻哈州及清平县，隶都匀府。
嘉靖元年(1522)改安宁宣抚司地为凯里宣抚司，隶清平卫。
万历二十九年(1601)以黄平安抚司地置黄平州，隶平越府。
1913年废府、州、厅置县，1914年州境各县分别隶属黔东道和黔中道。
1917年黔东道署迁镇远，改名镇远道，1923年废。
1935年于镇远设第八行政督察区，黎平设第十行政督察区。
1936年撤销第十行政督察区，改第八行政督察区为第七行政督察区。
1937年改第七行政督察区为第一行政督察区。
1949年属镇远专区，辖12县，黎平、麻江、丹寨、榕江、从江隶都匀(独山)专区。
1956年撤销镇远专区，设黔东南苗族侗族自治州，州人民政府暂驻镇远，1958年12月迁驻凯里。