1958年建立船山沟生产大队，1961年9月，属大兴公社船山沟生产大队。
1963年3月，属合朋公社船山沟生产大队。
1983年10月，我国实行政社分设；1984年，撤销船山沟生产大队，设立船山沟村民委员会，简称船山沟村委会，属合朋乡。
1992年10月，铺子湾、合朋、龙溪乡合置合兴土家族乡，2007年11月根据《德江县人民政府关于复兴土家族乡并村行政区域变更的批复》（德府函〔2007〕117号），撤销原船山沟村、清明村、合朋村，合并建立合朋村。
2010年11月根据《德江县人民政府关于合兴土家族乡调整村（社区）行政区域的批复》（德府函〔2010〕110号），撤销原合朋村，合朋村、清明村、船山沟村。
2012年撤乡建镇又改为合兴镇船山沟村至今。