1935年为怀德、有文2村，属罗城县三防区公义乡。
1952年11月26日，怀德、有文2村合设本洞乡，属大苗山苗族自治区三防壮族自治区。
1955年属大苗山苗族自治县三防壮族自治区。
1958年改大队，属三防公社。
1962年改公社，属三防区。
1966年属融水苗族自治县三防区。
1968年改大队，属三防公社。
1980年析出洞马大队。
1984年改本洞村，设本洞村民委员会，属三防镇。
1987年改设本洞村公所。
1996年复设本洞村民委员会，沿用至今。