镇域古属冯乘县，北宋开宝四年（971年）后属富川县。
元末明初属灵亭乡七都。
明末清初属莲山团、丫婆团和瑶族聚居区倒水源的部分辖地。
清末民初属中乡古城东团以及古城中团、倒水团部分辖地。
民国二十一年（1932年），为富川县第七区所辖。
民国二十三年（1934年），属古城区东里乡，民国三十二年（1943年），撤区属古城乡。
解放后属第一区古城乡。
1950年，冬后改称第二区古城乡。
1952年，更名富钟县第十区，辖莲山、罗山、洞洋、鲁干、吉山等小乡。
1957年，改莲山大乡。
1958年8月，更名为富钟县古城乡（英雄）公社，称莲山生产大队。
1960年，称富钟县古城公社莲山大队。
1961年7月，改称富川县古城公社。
1966年，古城公社所在地迁至莲山街（俗称新闹子）。
1984年，撤销古城公社成立古城乡。
1987年7月，古城乡划出11个行政村增设莲山乡。
1996年6月，改乡设镇，始称莲山镇。