清乾隆年间（1736-1795年），郑、叶、杨、朱四姓先祖分别从睦洲乡、三江马驷迁此耕种，随后翁、林、周、李等姓从三江良德冲、罗湾、西安到此定居。
民国期间（1912-1932年）梁姓也到此定居，逐渐发展成4个居民点。
腰股村等民国期间属第八区睦洲乡。
1951年腰股、莲子塘、东南环合为第九区莲腰乡。
1958年属莲腰管理区。
1959年分称腰股大队、东南湾大队。
1961年东南湾分出新前大队和南环大队，分称腰股大队、南环大队。
1965年属莲腰大队。
1982年分出称腰股大队、东南大队。
1984年属莲腰乡。
1986年分称腰股村委会、东南环村委会。
1988年分称腰股管理区、东南环管理区。
1999年分称腰股村委会、东南环村委会。
2004年合并称莲腰村委会，沿用至今。